従来軽視されがちであった痛みの診断と治療を専門とする医学を進歩・発展させ、その知識と技術の普及をはかることを目的として、一般社団法人日本ペインクリニック学会(以下、当法人とする)は設置された。ペインクリニックはその主な治療手段として、薬物療法のみでなく神経ブロックや手術などの専門的手技を用いる。これらは豊富な知識と適切な訓練の必要な手技である。このため、当法人では、専門医制度を設け、十分な訓練と経験に関する書類審査と筆記・口頭試験に合格した会員にのみ「ペインクリニック専門医」の呼称を許可している。

1952年にサンフランシスコ講和（平和）条約が批准され、日本国の再独立が認められ、戦後の混乱期が終息に向かい始めた。1950年代半ばには、国家規模で日本医学会を中心に国民の病気の克服と健康管理にその目を向け始めた。その一過程として、術後痛、がん疼痛を始めとし、様々な痛みの機序、治療の確立を目指し、多くの麻酔科医が集まり、日本国民のあらゆる痛みを克服することを目的にその組織化が図られた。

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研究会の発足：1969年
1950年代半ばから痛み治療を専門とする診療が麻酔科医を中心に行われるようになり、1962年東京大学医学部附属病院にペインクリニック科が新設された。以来、全国でこの分野に関心を持つ多くの医師が集まり、互いの知識の交換と技術の進歩をはかり、痛み治療を本邦に普及させる目的で、1969年第1回ペインクリニック研究会が東京で開催された。

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学会への発展：1985年
年１,2回の研究会が開催されてきたが、その会員が増加したのを契機に、1985年の第19回学術大会より学会となり、社会的により広く、高度な知識・技術を探求する活動が行われるようになった。

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認定医制度の施行：1989年
社会へのペインクリニックの認知とその診療レベルの向上と維持、および会員の痛み治療についての教育・普及を目的として1989年より認定医制度が施行された。2006年7月にはペインクリニック専門医の名称が冠された。専門医を目指すための施設基準を満たす指定研修施設は、2017年4月には344施設を数え、ペインクリニック専門医は1597名に達している。

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評議員会(社員総会)、会員総会：年1回、7月に開催。

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理事会、各種委員会

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機関誌
当法人は、「日本ペインクリニック学会誌−JJSPC−」を刊行し、学術大会での講演抄録集を毎年発行している。

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痛み治療の基盤となる各種ガイドラインの上梓
「ペインクリニック用語集」、「ペインクリニック治療指針」、「神経障害性疼痛薬物療法ガイドライン」、「非がん性慢性疼痛に対するオピオイド鎮痛薬処方ガイドライン」、「インターベンショナル痛み治療ガイドライン」、「がん性痛に対するインターベンショナル治療ガイドライン」など、多くの痛みに関する指針、ガイドラインを上梓している。